Įgyvendinus Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2009-12-23 nutarimą Nr.1800 „Dėl Vilniaus universiteto Ekologijos instituto, Geologijos ir geografijos instituto ir Botanikos instituto reorganizavimo“

Vilniaus universiteto Ekologijos institutas, Geologijos ir geografijos institutas ir Botanikos institutas sujungimo būdu reorganizuoti į valstybinį mokslinių tyrimų institutą – Gamtos tyrimų centrą (toliau – Centras).

Juridinis asmuo Centras nuo 2010-01-01 perėmė visų trijų institutų teises ir pareigas Centre vykdomi moksliniai tyrimai, užtikrinantys šalies kompetenciją darnaus vystymosi ir tarptautinių įsipareigojimų vykdymo klausimais, koordinuojama ilgalaikė gyvosios ir negyvosios gamtos mokslinių tyrimų veikla pagal Lietuvos Respublikos Vyriausybės patvirtintas mokslinių tyrimų kryptis, dalyvaujama studijų procese, teikiamos paslaugos verslui ir ūkio subjektams.