Moksliniai interesai
Mikroorganizmų genetinių struktūrų (DNR) tyrimai genų inžinerijos ir molekulinės biologijos metodais. Sarcocystis parazitų identifikavimas molekuliniais metodais gamtinėje aplinkoje. Gamtinėje aplinkoje paplitusių mielių molekulinių mechanizmų tyrimai, taikant šiuolaikinius genetinius metodus. Mikroorganizmų identifikavimas, taikant genetinius metodus, ir genų inžinerinių technologijų taikymas moksliniuose tyrimuose. Darbo su aplinkos mėginiais patirtis: mielių išskyrimas ir identifikavimas nuo uogų ir vaisių, Sarcocystis genties parazitų išskyrimas ir identifikavimas iš įvairių aplinkos mėginių. Profesiniai gebėjimai: vienaląsčių Sarcocystis spp. sporocistų skyrimas, DNR skyrimas, DNR amplifikavimas ir sekų analizė. Gautų duomenų analizavimas, naudojantis kompiuterinėmis programomis „MS Office“, „Chromas Lite“. Įgūdžiai dirbant su internetinėmis duomenų bazėmis „EBI“, „NCBI“, „GeneBank“.
Disertacijos anotacija
Doktorantūros mokslinio darbo tikslas yra sukurti ir optimizuoti vienaląsčių Protozoa skyrimo iš aplinkos mėginių metodiką ir molekuliniais metodais įvertinti kokios Protozoa rūšys yra paplitusios Lietuvos gamtinėje aplinkoje.
Uždaviniai:
• Parinkti ir optimizuoti (oo)cistų ir gDNR skyrimo iš gamtinės aplinkos mėginių metodiką.
• Tinkamo PGR metodo parinkimas ir optimizavimas, siekiant padauginti specifinius DNR fragmentus, esant mažai gDNR koncentracijai.
• Taikant optimizuotą molekulinės diagnostikos metodiką, identifikuoti Lietuvos gamtinėje aplinkoje esančias vienaląsčių Protozoa rūšis.
• Palyginti skirtingų buveinių (vandens, dirvožemio, pašarų) užterštumą Protozoa ir nustatyti, kurioje buveinėje yra daugiausia patogeninių rūšių.
Šiuo metu pasaulyje žinoma apie 15 000 parazitinių pirmuonių rūšių. Labiausiai ištirti parazitiniai pirmuonys, perduodami per vandenį ir sukeliantys žmonių ar gyvūnų infekcijas, yra: Toxoplasma gondii, Entamoeba histolytica, Cyclospora cayetanensis, Isospora belli, Acanthamoeba spp., Sarcocystis spp. ir Naegleria spp. Visgi iki šiol nėra tinkamų metodų tiksliam įvairių parazitinių pirmuonių identifikavimui iš aplinkos mėginių. Dėl to, atliekant įvairius tyrimus, dažniausiai yra nustatomas tik labiausiai paplitusių ir geriausiai iširtų rūšių paplitimas gamtinėje aplinkoje. Dėl šių priežasčių doktorantūros studijų tikslas – sukurti ir optimizuoti vienaląsčių pirmuonių išskyrimo iš aplinkos mėginių metodiką ir molekuliniais metodais įvertinti, kurios pirmuonių rūšys yra paplitusios Lietuvos ir kitų Baltijos šalių gamtinėje aplinkoje.
Doktorantūros studijų metu iš vandens telkinių bus renkami vandens ir dugno smėlio mėginiai, o iš žolėdžių ganyklų – dirvožemio, žolės ir vandens mėginiai. Mėginių analizė bus atliekama molekuliniais metodais, tokiais kaip DNR išskyrimas, genetinių žymenų parinkimas ir pradmenų kūrimas, specifinių fragmentų PGR amplifikacija, PGR produktų gryninimas ir sekos nustatymas.
Tarptautinėse mokslinėse konferencijose:
- Prakas, P., Butkauskas, D., Servienė, E., Strazdaitė-Žielienė, Ž., Gudiškis, N., Baranauskaitė, A., Marandykina-Prakienė, A., Rudaitytė-Lukošienė, E., Juozaitytė-Ngugu, E. 2022. Investigation of Sarcocystis found in sheep and horses from Lithuania. 6th International Meeting on Apicomplexan Parasites in Farm Animals, spalio 5–7 d., Bern, Switzerland. Book of Abstracts: 73. http://www.apicowplexa.net/wp-content/uploads/2022/10/ApicoWplexa2022_abstractbook.pdf
- Baranauskaitė, A. Galvijus infekuojančių Sarcocystis parazitų paplitimas ir įvairovė Lietuvoje. Tarptautinė konferencija „Mikrobiologija 2022“, balandžio 28–29 d., Birštonas, Lietuva. Santraukų knyga: 25. http://www.mikrobiologija.lt/wp-content/uploads/2022/05/Santrauku-knyga-VP.pdf
- Baranauskaitė, A., Strazdaitė-Žielienė, Ž., Petrauskas, M., Paliovkinas, D., Prakas, P., Servienė, E. 2022. Optimization of molecular identification of Sarcocystis parasites infecting domestic animals. Tarptautinė konferencija „Mikrobiologija 2022“, balandžio 28–29 d., Birštonas, Lietuva. Santraukų knyga: 50. http://www.mikrobiologija.lt/wp-content/uploads/2022/05/Santrauku-knyga-VP.pdf
- Baranauskaitė, A., Strazdaitė-Žielienė, Ž., Prakas, P., Servienė, E. 2022. Prevalence of domestic animals infecting Sarcocystis parasites in samples from different types of water in Lithuania. The International conference Coins 2022, vasario 28 – kovo 3 d., Vilnius, Lietuva. Santraukų knyga, I2. https://thecoins.eu/static/resources/booksofabstracts/COINS2022.pdf
- Strazdaitė-Žielienė, Ž., Baranauskaitė, A., Rudaitytė-Lukošienė, E., Servienė, E., Butkauskas, D., Dobrovolskis, L, Šikšniūtė, E., Prakas P. 2021. Microorganisms diversity and prevalence in Baltic states aquatic ecosystems. World microbe forum online conference, birželio 20–24 d.
- Baranauskaitė, A., Strazdaitė-Žielienė, Ž., Prakas, P., Servienė, E. 2021. Optimization of identification of domestic animals infecting Sarcocystis parasites found in water. 9th Conference of the Scandinavian – Baltic Society for Parasitology, balandžio 21–23 d. Book of Abstracts: 69.
- Baranauskaitė, A., Strazdaitė-Žielienė, Ž., Prakas, P., Servienė, E. 2021. Prevalence of Sarcocystis parasites infecting farmed animals in water samples from Lithuania. The International conference Coins 2021 konferencija, kovo 30 d., Vilnius, Lietuva. Book of Abstracts: 67. https://thecoins.eu/static/resources/booksofabstracts/COINS2021.pdf
- Baranauskaitė, A., Prakas, P., Servienė, E., Strazdaitė-Žielienė, Ž. 2021. Molecular identification of Sarcocystis species and their prevalence in environmental samples. The International conference Coins 2021 konferencija, kovo 30 d., Vilnius, Lietuva. Book of Abstracts: 69. https://thecoins.eu/static/resources/booksofabstracts/COINS2021.pdf
- Prakas, P., Strazdaitė-Žielienė, Ž., Januškevičius, V., Chiesa, F., Baranauskaitė, A., Rudaitytė-Lukošienė, E., Servienė, E., Petkevičius, S., Butkauskas, D. 2019. Molecular identification of Sarcocystis hominis and other three Sarcocystis species in cattle meat from Lithuania. 5th International Meeting on Apicomplexan Parasites in Farm Animals, rugsėjo 2–4 d., Berlin, Germany.
- Strazdaitė-Žielienė, Ž., Baranauskaitė, A., Rudaitytė-Lukošienė, E., Januškevičius, V., Servienė, E., Butkauskas, D., Dobrovolskis, L., Prakas P. 2019. Optimization of molecular identification of Sarcocystis species from cattle meat. FEBS3+ konferencija, birželio 17–19 d., Riga, Latvia.
Nacionalinėse mokslinėse konferencijose:
- Baranauskaitė, A., Strazdaitė-Žielienė, Ž. 2021. Sarcocystis parazitų paieška gamtinėse ekosistemose ir jų identifikavimas molekuliniais metodais. Studentų mokslinė konferencija, gegužės 11 d.