1. Aplinkos kokybės būklės, gamtinių ekosistemų, buveinių, rūšių, bendrijų, populiacijų struktūros, funkcionavimo, jautrumo, pažeidžiamumo, genetinės įvairovės, adaptacijų, mikroevoliucijos globalios kaitos ir antropogeninio poveikio sąlygomis dėsningumų ir mechanizmų tyrimai, teorinių pagrindų kūrimas ir prognozė.
2. Lietuvos gamtos ir biologijos išteklių būklės, kaitos tyrimai ir prognozė, išsaugojimo, atkūrimo ir tvaraus naudojimo mokslinis pagrindimas.
3. Žemės gelmių ir paviršiaus sandaros, savybių, susidarymo, paleogeografinių ir paleoekologinių sąlygų raidos, požeminio ir paviršinio vandens sistemų, kraštovaizdžio ir geoaplinkos būklės, kaitos ir sąveikos su žmogaus veikla tyrimai, Lietuvos teritorijos ir gelmių išteklių tvaraus naudojimo mokslinis pagrindimas.