Augalų patologijos laboratorijos mokslininkų pagrindinė tyrimų kryptis – Lietuvos gamtoje, agro- ir miško ekosistemose paplitusių augalų ligas sukeliančių mikroorganizmų (grybų, oomicetų, bakterijų, fitoplazmų, virusų) fundamentiniai augalų patologijos tyrimai ir inovacijos, siekiant pagilinti žinias ligų prevencijos, valdymo ar kontrolės klausimais ekonomiškai svarbiausioms augalų rūšims.
Pasitelkus atliekamus tyrimus, siekiama: 1) išsiaiškinti patogenų plitimo priežastis, suprasti mechanizmus, dėl kurių patogenai patenka į augalus, veikia jų atsparumą; 2) tirti evoliucinius procesus, kurie vyksta tarp augalų patogenų ir jų augalų šeimininkų, siekiant tarpusavio sąveikų mechanizmus pritaikyti / panaudoti efektyvesnėms genetinio atsparumo ir kitoms kontrolės strategijoms kurti; 3) taikyti inovatyvius tyrimus, vystant ir diegiant naujas technologijas geresnei augalų ligų kontrolei, siekiant išlaikyti ekologinę pusiausvyrą.
Laboratorijoje atliekami darbai daugiausia skirti taikomiesiems augalų patologijos tyrimams: fitopatogenų aptikimas ir (ar) išskyrimas; klasifikavimas ir identifikavimas; rūšių įvairovės nustatymas; ligų sukėlėjų paplitimo (išplitimo) ir daromos žalos įvertinimas; patogenų populiacijų genetiniai tyrimai; mikroorganizmų biologinių ypatybių tyrimai; patogenų ekologija ir epidemiologija; augalų atsparumo ligų sukėlėjui (-ams) nustatymas; fitopatogenų atsparumo cheminiams ir biokontrolės preparatams įvertinimas; biokontrolės tyrimai (pašalinimo ar valdymo vietinių ir egzotinių (introdukuotų, invazinių) augalų bendrijose).
Laboratorijoje kaupiama ir palaikoma mikroorganizmų grynų kultūrų kolekcija, kurią sudaro virš 6000 padermių.
