Programos tikslai:

1. Kompleksiniai prokariotinių ir eukariotinių organizmų (protistų, grybų, augalų, gyvūnų) sistematikos bei populiacijų ir jų buveinių būklės tyrimai, siekiant naujų fundamentinių žinių apie biologinę įvairovę ir ją palaikančius mechanizmus globalios kaitos ir antropogeninio poveikio sąlygomis.
2. Mokslinio pagrindimo valstybės strateginiams dokumentams ir rekomendacijoms dėl biologinės įvairovės išsaugojimo, tvaraus naudojimo ir atkūrimo pateikimas.
3. Tarptautinės reikšmės nacionalinių sistematinių kolekcijų, metaduomenų ir kitų biologinės įvairovės duomenų bazių pildymas, sisteminimas ir tobulinimas, pritaikant mokslo ir visuomenės reikmėms, interaktyvaus žinių apie įvairius biologinės įvairovės komponentus kaupimas, skatinant visuomenės įsitraukimą į šią veiklą.