Programos tikslai:

1. Atlikti žemės gelmių, kraštovaizdžio bei ekosistemų abiotinių ir biotinių komponentų sandaros, funkcionavimo ir dinamikos, medžiagų ciklų ir biologinės įvairovės vaidmens juose tyrimus, sukaupti ir apibendrinti duomenis apie Lietuvos gamtinį paveldą, modeliuojant scenarijus ir išaiškinant sąlygas, užtikrinančias jo atsikūrimą ir išsaugojimą ateities kartoms;
2. Pritaikant EBPO naudojamą veiksnių-apkrovų-būklės-poveikio-atsako (angl. DPSIR (drivers, pressures, state, impact and response model of intervention)) analitinį modelį, įvertinti žmogaus veiklos ir klimato kaitos sąlygojamas apkrovas Lietuvos ekosistemoms, modeliuoti galimus jų komponentų, procesų ir ciklų raidos scenarijus, siekiant sukurti mokslu paremtas priemones, užtikrinančias tų apkrovų švelninimą, ekosistemų paslaugų tvarumą bei jų išteklių atsinaujinimą;
3. Skleisti žinias apie Lietuvos gamtą plačiajai visuomenei, dalyvauti ekologiniame švietime ir mokymosi visą gyvenimą programose, diegti ekosisteminį požiūrį į gamtos išteklius ir paslaugas, keičiantį žmogaus elgseną ir aplinkos politiką taip, kad būtų užtikrintas ekosistemų paslaugų ir išteklių išsaugojimas ateinančioms kartoms, jų naudojimo šalies žiedinėje ekonomikoje tvarumas, neigiamo poveikio Lietuvos gamtiniam paveldui sušvelninimas bei prisitaikymas prie globalios kaitos.