Žuvų ekologijos laboratorijoje atliekami ekosistemų funkcionavimo tyrimai Lietuvos vandens telkiniuose – Baltijos jūroje, Kuršių mariose, Kauno mariose, ežeruose ir upėse.
Laboratorijos mokslininkai ypatingą dėmesį skiria žuvų bendrijų ir atskirų rūšių ekologijos tyrimams, gamtinių ir antropogeninių veiksnių poveikio žuvų populiacijų ir bendrijų struktūrai, rūšinei įvairovei ir ištekliams vertinimui. Laboratorijoje vykdomi indikatorinių žuvų rūšių genetinės įvairovės, produkcinių procesų tyrimai.
Laboratorijos mokslininkai tiria industrinių objektų – Būtingės naftos terminalo, Kauno hidroelektrinės, Kruonio hidroakumuliacinės elektrinės, mažųjų hidroelektrinių veiklos, Klaipėdos uosto plėtros poveikį žuvų ištekliams ar atskiroms rūšims, nuolat atlieka žuvų bendrijų gausumo ir populiacijų tyrimus vandens telkiniuose, kuriuose intensyviai vykdoma verslinė ir rekreacinė žvejyba – Baltijos jūroje, Kuršių mariose, Nemuno žemupyje ir Kauno mariose, ežeruose ir upėse, nustato žuvų bendrijų būklę. Nuolat didėjant įvairių ūkinės veiklos šakų poveikiui vandens ekosistemoms, laboratorijos ekspertai analizuoja įvairių priemonių poveikiui sušvelninti panaudojimo galimybę, rengia nykstančių rūšių populiacijų atkūrimo planus, žuvų išteklių apsaugos ir atkūrimo programas, teikia rekomendacijas dėl tvaraus išteklių naudojimo. Laboratorija nustato vandens telkinių ekologinę būklę pagal žuvų rodiklius, vykdo jautriausiai į antropogeninį poveikį reaguojančių žuvų rodiklių atranką.
Naudodami konvencinius ir radijo žymeklius, pasitelkdami žuvų otolitų mikrocheminės ir stabiliųjų izotopų analizės metodus, laboratorijos mokslininkai tiria praeivių (pvz., lašišų, šlakių, ungurių) ir retų (pvz., aštriašnipio eršketo) žuvų rūšių migracijas upėse, Kuršių mariose ir Baltijos jūroje. Laboratorija vykdo Europos Bendrijos svarbos žuvų ir nėgių rūšių populiacijų būklės kaitos, svetimkraščių žuvų ekologijos, mitybos tinklų sandaros, populiacijų funkcionavimo dėsningumų ir poveikio vietinėms rūšims tyrimus. Eksperimentinėse recirkuliacinėse sistemose vykdo elgseninius ir augimo eksperimentus, vertindami įvairių aplinkos veiksnių poveikį.
Laboratorijos mokslininkai atstovauja Lietuvai tarptautinėse ekspertų darbo grupėse, tokiose kaip Tarptautinė jūrų tyrinėjimo taryba (ICES), Helsinkio komisija (HELCOM), nacionalinėse ekspertinėse organizacijose ir tarybose.
